《石头记》没有一条纵贯全书的时间线，而是以大明（包括靖江王）兴亡历史中的几个重要节点，反复在不同的故事与人物交织，重点隐写“末世三劫”。苦苦分析某个人物的年龄，无异于刻舟求剑。 比如，张真人说的四月二十六日是遮天大王的“圣诞”，对应的是第二十七回“至次日，乃是四月二十六日。”这其中，就隐写了南明亡于康熙元年四月二十五日，第一作者石涛的父亲于顺治三年（1646年）四月二十六日被隆武帝缢杀“玉带林中挂”的日子 石涛的父亲是桂林靖江王朱亨嘉，顺治二年八月初三，朱亨嘉在桂林以“洪武”为年号称帝，改桂林为西京。西京本是古代对西安（长安）的称呼，所以，“林代玉拋父进都京”，到的是长安。当然，也以“长安”隐写大明二京，二京都有长安街。 八月初三是贾母的第二个生日。朱亨嘉称帝，被隆武帝所部打开桂林小石头城（靖江王府）活捉。城破之日，三岁的石涛在王府内官的“襁褓”之中，躲在独秀峰“雪洞（薛宝钗住处）”，逃到全州湘山寺出家。石涛自称苦瓜和尚，苦瓜即癞瓜，林黛玉三岁遇癞头和尚，其中隐写了石涛的身世。湘山寺在湘江之滨，“吾道清湘岂是男”，石涛也是潇湘妃子。 朱亨嘉以“洪武”为年号称帝，是“林代玉”，遮住大明之天，真正的“遮天大王”首先隐写的是石涛的父亲。 康熙元年四月二十五日，吴三桂以弓弦缢杀朱由榔于昆明篦子坡金蝉寺，又以柴薪之火化灰。“滴翠亭杨妃戏彩蝶”，照应元妃点戏“乞巧”伏元妃之死，借杨贵妃被缢杀于马嵬坡佛堂梨树下，隐喻南明灭亡的历史。因而，薛宝钗初入荣国府，就住在了梨香院。康熙属马，暗合马嵬坡之“马”。 靖江王灭亡的历史，还隐写在“这年十一月三十日冬至”、“原来这日未时交芒种节”的隐喻中。比如，这个冬至节隐藏的历史是孔有德吴桥兵变，灭靖江王的就是孔有德。 南明灭亡的历史更是在书中多次写到，第一回葫芦庙炸供油锅逸火，焦大骂“爬灰”，秦可卿说“烈火烹油”，夏金桂爱吃油炸鸡鸭焦骨头，以及贾元春册页画、刘姥姥雪下抽柴，等等等等，都写的是烈庙，以及朱由榔“回首相看已化灰”的大明朱氏“爬灰”的结局。 《石头记》“千皴万染”，是两个书画宗师石涛与八大山人借用绘画技法，以不同的人物与不同的故事情节，多层面隐写大明兴亡历史，解读“封建必亡”的主题。
