以色列拦截援助船队的行动引发了广泛的国际谴责。土耳其外交部强烈指责以军在国际水域袭击民用船只是“恐怖主义行为”，严重违反国际法并危及平民安全。哥伦比亚总统佩特罗不仅谴责以军行动，还宣布驱逐以色列驻哥伦比亚全体外交人员，并立即废止两国自由贸易协定。他指控以色列总理内塔尼亚胡“在实施新的国际犯罪”，并计划对以色列提起诉讼。西班牙外交大臣紧急召见以色列临时代办，指出有65名西班牙公民与船队同行。马来西亚总理安瓦尔证实有8名本国公民被扣，斥责以色列“通过阻止人道主义任务，蔑视巴勒斯坦人民权利与世界良知”。 这些外交反应反映了以色列在世界舞台上日益孤立的境地。根据报道，以色列正成为全球舞台上的“弃儿”，加沙战争的持续和人道主义危机不断恶化使其陷入前所未有的孤立。在经济层面，欧盟作为以色列最大贸易伙伴，已提议实施制裁，若得到成员国批准，将部分暂停与以色列的自由贸易协定。一些西方国家还对某些以色列个人、定居点以及支持被占领约旦河西岸暴力活动的组织实施了定向制裁。挪威主权财富基金宣布将剥离在以色列的部分投资，而法国、意大利、荷兰、西班牙和英国等国则对以色列实施了部分或全部武器禁运。
