1756年冬，清军在伊犁河谷杀疯了，准噶尔叛军的尸体堆得比山还高，狗群啃食着这些早已辨不出面目的尸体。在清军的连续打击下，剩下的那些曾经不可一世的准噶尔武士，也只能像狗一样趴在雪地里啃食同类的骨头，为了一块人肉能拔刀相向，惨状让人毛骨悚然，这就是胆敢背叛中华的下场！ 1756年冬天，清军收复伊犁河谷后，对参与叛乱的准噶尔部落展开大规模清剿。之前一些台吉和宰桑刚受封没多久，就联合攻打乌鲁木齐等地，清军主力撤回休整时他们又起事。乾隆帝下令必须彻底解决这些反复无常的势力。 清军分路推进，对支持叛乱的鄂托克逐一清查。成年男丁基本在抵抗中被处死，老弱也难以幸免，只有部分年轻女子被带走。这次行动直接针对像噶勒藏多尔济、巴雅尔这样的部众，他们先前接受册封和草场分配，却一有机会就翻脸。 整个过程让准噶尔各部人口急剧减少，从原来几十万掉到不到二十万，战死、饿死和得天花病的占了大头。清廷这次下定决心永绝根株，不再留情。 清军行动覆盖伊犁河谷及周边。叛军先前利用地形周旋，但补给断绝后抵抗力迅速崩溃。清军联合归附部众继续西进追击，阿睦尔撒纳带着少数人逃进哈萨克草原。阿布赉汗起初庇护他，后来见清军大军压境，就遣使纳贡归顺，还交出部分残部。 1757年，阿睦尔撒纳继续西逃，进入俄罗斯境内后感染天花病死。俄国按协议把尸体交给清使验看，确认身份，叛乱主谋的结局就此确定。 1758年，清廷发动最后征讨，对乌鲁特、克勒特等二十一个鄂托克剩余叛乱部落进行打击。士兵穿越雪地山口，逐个攻破营寨，叛军彻底失去抵抗能力。 准噶尔地区因为连年战事、牲畜损失和疫病，人口与牲畜锐减。幸存者无法再组织队伍。清军平定后，将剩余人口编入盟旗，划定草场，在伊犁设立管理机构，直接纳入中原王朝管辖。此后西北边疆保持稳定，再无类似大规模叛乱。 整个过程显示，准噶尔部此前在噶尔丹、策妄阿拉布坦时期多次扰边，内部汗位争夺和疫病已现衰败。乾隆帝抓住时机，用兵数次，最终消除隐患。那些反复叛乱的台吉和宰桑，接受封赏后又起事，直接加速了部落的瓦解。
