1609年，日本萨摩藩诸侯岛津氏率军攻打琉球，破首里城后俘虏国王尚宁。琉球被迫割让奄美群岛，还需每年向萨摩藩输粮8000石并双重纳贡。此次入侵后，琉球名义上仍与中国保持宗藩关系，实则沦为中日“双属”状态，自主权被大幅削弱，日本也通过垄断其贸易牟取巨额利润。明治维新后，日本加快吞并步伐。1872年，日本单方面将琉球改为“琉球藩”，强行纳入自身行政体系，这一举措遭到琉球上下强烈反对，王室多次遣使赴华求援。1874年，日本借琉球渔民在台湾遇害事件出兵台湾，逼迫清政府签订《北京专条》，该条约隐约承认日本对琉球的所属权，切断了琉球对华藩属关系的重要支撑。1875年，日本进一步施压，要求琉球停止对清朝朝贡，改用日本年号，彻底断绝其与清朝的联系。琉球密使再次赴华哭诉求救，但国力衰微的清朝仅能交涉，无力干预。1878年，日本悍然决定废琉球为郡县，强令国王尚泰赴东京听候处置。1879年，日本派数百名军警进驻琉球，强行迁移王室至东京，正式废除藩政设立冲绳县，存续近五百年的琉球王国灭亡。此后日本推行同化政策，禁止琉球语、推广日本教育，试图磨灭其本土文化。二战冲绳战役中，日军更胁迫大量琉球人自杀，还以间谍罪屠杀上千仅说方言的民众，给琉球民众带来了沉重的人道灾难。
